Letjelica je lansirana u sklopu misije STS-79
16. rujna 1996. svemirski shuttle Atlantis lansiran je s rta Canaveral na Floridi u sklopu misije STS-79. Cilj je bio susret s ruskom orbitalnom postajom Mir.
Pogledajte kako izgleda pogled na svemirski shuttle Atlantis, postavljen kao da se nalazi na "podu" oblaka, snimljen od strane dva člana posade Mir-21 na ruskoj svemirskoj stanici Mir, tijekom sastanaka i pristajanja.
Dio panela solarnog polja spojenog na Mir nalazi se u prvom planu. Orbiter Docking System (ODS), spojni tunel i Spacelab modul mogu se vidjeti u Atlantisovom utovarnom prostoru. S kasnijom isporukom astronauta Lucida u Mir, posada Mir-21 porasla je na tri jer je specijalist misije brzo postao gost-istraživač astronauta. Na Miru će provesti približno 140 dana prije nego što se vrati na Zemlju.
Lansiranje koje je prvotno bilo zakazano za 31. srpnja otkazano je kad su menadžeri misije odlučili isključiti Atlantisova dvostruka raketna pojačala. Pojačivači (boosteri) na STS-79 sastavljeni su korištenjem istog novog ljepila kao i pojačivači koji su letjeli na prethodnoj misiji, STS-78, u kojima je nakon preuzimanja primijećen put vrućeg plina u J-zglobove spojeva motora.
Iako su menadžeri zaključili da su originalni pojačivači STS-79 sigurni za let, odlučili su ih zamijeniti kompletom predviđenim za STS-80 koji koristi originalno ljepilo. Promjena pojačivača dogodila se nakon što se Atlantis već vratio u zgradu za montažu zbog prijetnje od uragana Bertha. Novi datum lansiranja je 12. rujna, a Atlantis se vratio na podlogu.
Datum lansiranja odgođen je do 16. rujna kada je shuttle vraćen u VAB zbog prijetnje od uragana Fran, što je prvi put da se shuttle vratio dva puta u jednom vremenu obrade zbog prijetnji od uragana. Odbrojavanje je glatko teklo do početka rada 16. rujna.
Približno 13 minuta nakon leta pomoćna pogonska jedinica br. 2 prerano je pala. Nakon pregleda i analize, tim za upravljanje misijom zaključio je da bi misija mogla nastaviti prema nominalnom završetku misije kako je planirano.